上海后端兼职程序员外包

需求描述

一、简介
我们已完成某非模式植物（基因组约300M）的高质量参考基因组测序与注释。现需开展全基因组范围的CRISPR/Cas9 gRNA设计与脱靶效应分析，以获得高质量的候选gRNA列表，支撑后续的基因编辑实验。

二、核心工作内容
数据预处理与质量控制：对提供的基因组（FASTA）和注释文件（GFF/GTF）进行格式校验和索引构建，确保输入数据符合分析要求。

全基因组sgRNA靶点扫描：基于三种非模式植物的参考基因组，使用成熟的算法（如CRISPRko、CRISPRscan或CFD score等）扫描全部可能的sgRNA靶点（20nt + PAM，PAM类型为NGG，使用SpCas9），建立完整的候选靶点文库。

靶点评分与筛选：

On-target评分：评估每个候选gRNA的编辑效率潜力；

Off-target预测：在全基因组范围内预测潜在的脱靶位点（允许≤4个错配），计算综合脱靶风险评分；

基因区域注释：标注每个gRNA所在的基因组区域（CDS、启动子、内含子、UTR等），优先筛选外显子区域的靶点。

结果交付与报告：提供结构化的数据报告，包含以下内容：

每个基因的Top 3-5候选gRNA列表（含序列、位置、GC含量、各项评分）；

全基因组脱靶位点汇总；

按基因功能类别（如转录因子、代谢酶等）分类的gRNA列表；

数据分析方法学报告（含软件版本、参数设置、评分算法说明）。

三、对开发者的要求
专业背景：拥有生物信息学、计算生物学或相关领域硕士及以上学历，熟悉植物基因组学。

技术能力：

熟练掌握Python/R/Perl及Linux开发环境；

具有基因组数据处理经验（FASTA、GFF、BAM等格式）；

熟悉CRISPR/Cas9 gRNA设计的主流工具与算法（如CRISPR-P、CRISPRko、CHOPCHOP、CRISPOR等）及对应的本地化部署方法；

能够独立进行全基因组规模的脱靶预测分析。

项目经验：

有非模式生物或复杂基因组（高重复序列、多倍体等）的gRNA设计经验者优先；

需提供1-2个过往类似项目的案例简介。

合作模式：

项目周期：约4-8周（三种植物并行或顺序完成）；

可接受项目制外包，按阶段付款；

需签署保密协议（NDA），项目数据不得外泄；

优先考虑长三角地区团队（便于线下沟通），也欢迎远程合作。

四、预期交付物
植物全基因组的候选gRNA数据集（Excel/CSV格式，含完整的序列、位置、评分信息）；

详细的数据分析技术报告（PDF，含方法、软件参数、结果统计）；

所有分析脚本及配置文件（便于结果复核及后续自主扩展）。