微生物组学全自动分析工作流及交互式平台
案例介绍
微生物组学全自动分析工作流及交互式平台
案例介绍
基于Docker容器技术构建了微生物组学全自动分析工作流及可视化交互平台。将全宏基因组鸟枪（WMS）数据和16S 核糖体RNA（16S rRNA）数据的多个指标和分析方法整合成一套统一、规范的分析工作流（ pipeline ），并将pipeline封装至Docker容器内部； 在Linux开发环境下，采用LAMP架构进行了Web开发：使用HTML5+CSS3+JavaScript、ajax等构建软件Web前端模块；使用php进行Web后端开发，并调用shell 脚本执行Docker容器内部R、 python等分析脚本；使用MySQL进行数据库开发；使用Apache服务器进行网站部署；
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