深圳医学科学院是一所集实体研究、经费资助、教育交流、创新孵化、政策咨询等五大功能于一体的新型科研机构。
冷冻电镜是将生物大分子快速冷冻后,在低温环境下利用透射电子显微镜对样品进行成像,再经图像处理和重构计算获得样品的三维结构
冷冻电镜最大的技术难点就是在于三维重构。这项技术本身是通过数据采集、图像处理、三维重构三个步骤来实现对三位解构的呈现。每一个步骤都需要采集大量的图像数据,以及对这些图像进行处理和分析。
解决这一难题的关键,就是高性能计算以及GPU集群。GPU的加速效果尤为明显,将漫长的重构计算时间进行了大量的压缩,为科研人员争取了大量最为宝贵的科研时间。同时,科研效率的提升,也进一步加快了试错的迭代速度。另一方面,高速大带宽直连的快速互联机制,超高计算密度,还极大地节省了使用空间,对于后期需要进行计算集群扩充的客户来说简便易维护。
深圳医科院生医药数据中心(以下简称:深圳医科院数据中心)将建设高性能计算系统及大容量存储设备设施,服务于蛋白质等生物大分子电镜结构解析、分子模拟及虚拟药物筛选、基因组学、生物信息学、分子动力学模拟、人工智能等科研业务。数据中心整体架构中的智算管理平台是在算力服务业务过程中的关键链接层。医科院日常科研所依赖的信息系统和软件大都以各个领域的科学计算类为主,除了运行在各个课题组内的工作站之外,一大部分计算需求依靠数据中心,除了科学计算类应用,还兼有部分大数据分析类的应用。这些应用都将通过智算管理平台提供的多样化算力资源服务达成灵活承载的目的,由此可见,智算管理平台是业务应用连接CPU 计算资源、GPU 计算资源、并行文件系统、服务器间高速互联网络在内的高性能计算解决方案技术组件的重要平台。
以下为基于联想xCloud for HPC&AI解决方案为深圳医科院设计的统一智算管理平台的整体架构。
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